Övergödningen av Östersjön under 1900-talet är väldokumenterad och har bland annat resulterat i sämre siktdjup, att cyanobakterieblomningar har blivit mer omfattande och vanligare, utbredd syrebrist i bottenvatten, och en förändrad artsammansättning av många organismgrupper. Systematiskt provtagna mätdata från miljöövervakningen finns bara tillgänglig från 1960–70-talet och därmed vet vi väldigt lite om Östersjöns ekosystem före människans storskaliga påverkan. Sedimentkärnor från sjöar och hav fungerar som ett historiskt arkiv som under årtusenden lagrat information om dåtidens ekosystem. I denna avhandling används bevarade subfossila kiselalger och geokemi för att spåra miljöförändringar längs svenska sydostkusten de senaste tvåtusen åren. Resultat presenteras från fem sedimentkärnor från Östersjökusten, från Stockholms skärgård i norr till Gåsfjärden i söder, längs en sträcka på ca 250 km.

Alla stratigrafier tyder på stabila förhållanden i dessa kustområden under yngre järnålder (500 före vår tideräkning – 1050 efter vår tideräkning (evt)) och medeltid (1050–1500 evt), fram till 1700-talet. Varken förändringar i klimat eller markanvändning har påverkat dessa kustområden i någon större utsträckning tills för några hundra år sedan. Det finns inga tecken på effekter av mänsklig aktivitet som exempelvis jordbruk fram till mer nutida förändringar. Alla undersökningsplatser har påverkats av övergödning under de senaste århundradena. Den exakta starten för ökad näringstillförsel skiljer sig något mellan platserna. De första tecknen på övergödning är från slutet av 1700-talet, och i början av 1800-talet är artsammansättningen av kiselalger redan förändrad. Storskaliga förändringar i markanvändning skedde under 1800-talet och fortsatte in på 1900-talet. Våtmarker och sjöar dikades ut, jordbruk med ängar och traditionell träda av jordbruksmark fasades ut till förmån för vallodling, till det kom konstgödsel i slutet av 1800-talet. Växande städer, industrier och reningsverk är punktkällor som i varierande grad har påverkat dessa kustområden. De första tecknen på övergödning syns ca 100 år tidigare vid kusten än i öppna Östersjön, vilket belyser kustzonens roll som näringsfilter. I öppna Östersjön har både klimatet och näringstillförsel från land påverkat artsammansättningen av kiselalger de senaste 2 000 åren. I kustområdet däremot har de direkta effekterna av klimatet spelat en mindre roll, och artsammansättningen av kiselalger har främst varit påverkad av näringstillförsel från land. Övergödningen har resulterat i ökad pelagisk primärproduktion och därmed lägre siktdjup, vilket har begränsat utbredningen av bottenlevande arter.

I Östersjön finns inga opåverkade områden kvar, och därmed inga referensområden för att definiera referensvärden enligt EUs vattendirektiv. Resultaten som presenteras i denna avhandling visar att i flera av de undersökta kustområdena rådde ett miljötillstånd opåverkat av mänsklig aktivitet för mer än 200 år sedan. Maximal tillförsel av näring till Östersjön skedde under 1960–70-talet, vilket avspeglar sig i koncentrationen av kiselalger i sedimenten, något som kan användas som en proxy för primärproduktion. Lägre koncentrationer av kiselalger i sedimenten de senaste årtiondena indikerar en bättre vattenkvalité. Däremot syns ännu ingen förbättring i artsammansättning av kiselalger som indikerar en tillbakagång till referensvärden. Inte heller syns tecken på någon förbättring vad gäller siktdjup i undersökningsområdena.