Bottentrålsfiske ger omfattande effekter på marina ekosystem. Det är slutsatsen av den kunskapsöversikt som Havsmiljöinstitutet 2018 gjort på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten.

Studier från svenska hav visar att den pågående bottentrålningen minskar biologisk mångfald och mångfalden av livsmiljöer i trålade områden. Effekterna är dels kopplade till störning av bottnarna, dels till att bottentrålar, med undantag för räk- och kräfttrålar försedda med rist, är starkt selektiva på så sätt att all fisk över en viss storlek fångas, medan mindre fisk har möjlighet att simma igenom nätmaskorna.