Övervakningsprogrammen ger underlag för att bedöma och följa upp utvecklingen av miljöstatus, som exempelvis lekbiomassa av fisk, utbredning av marina däggdjur och tillståndet hos bottenfaunan. Havs- och vattenmyndigheten har uppdaterat miljöövervakningsprogrammen så att de lever upp till havsmiljödirektivet 2020. Underlaget rapporterades till EU-kommissionen hösten 2020.