Bakterieplankton utgör en av de största levande massorna i havet. Bakterier utför många viktiga omvandlingar av ämnen, såsom nedbrytning av organiskt material. De är också föda för små djurplankton och har på så sätt en viktig roll i näringsväven. I Bottniska viken har bakterieförekomsten varit stabil sedan början på 90-talet.