De nationella myndigheterna som ansvarar för Sveriges havsmiljöövervakning organiserades om 2011. Numera är det Naturvårdsverket som samordnar miljöövervakningen i sin helhet medan den nystartade Havs- och vattenmyndigheten ansvarar för övervakningen av akvatiska resurser. Havs- och vattenmyndigheten har även tagit över Fiskeriverkets fiskförvaltningsansvar inklusive datainsamling för fisk.