Fosfathalterna i Egentliga Östersjön är mycket höga. Havsområdet har också ett tydlig överskott av fosfat jämfört med oorganiskt kväve. Överskottet har förstärkts sedan 1990-talet. I Skagerrak, däremot, har fosfathalterna minskat. I Bottniska viken ses generellt inga trender. Förhållandena i Bottenviken utmärker sig genom ett naturligt stort överskott på oorganiskt kväve i förhållande till fosfat.