Utredningen har haft regeringens uppdrag att lämna förslag till vilka verksamheter inom i första hand Naturvårdsverket och Fiskeriverket och de fem vattenmyndigheterna som ska ingå i en myndighet för havs- och vattenmiljöfrågor. Regeringens utgångspunkt är att Fiskeriverket ska upphöra och att den nya myndigheten ska kunna inleda sin verksamhet den 1 januari 2011. Den nya myndighetens uppgift föreslås vara att verka för bevarande och hållbart nyttjande av havs- och vattenmiljöer.