Östergötlands skärgård är ett riksintressant naturområde. Östersjöns skärgårdar är också en unik naturtyp globalt sett varför det finns ett särskilt ansvar för en god och hållbar förvaltning av området. Havsmiljön är prioriterad i dagens natur- och miljövårdsarbete, men kunskapsuppbyggnaden om naturvärdena i Östergötlands skärgård har släpat efter i jämförelse med fastlandsmiljöerna, i synnerhet vad gäller undervattensmiljön.