Kartläggningen presenteras av Finlands miljöcentral (SYKE). Bedömningarna, vilka omfattar både land och hav, har tagits fram i ett treårigt projekt med hjälp av 120 experter från olika forskningsinstitut, universitet och förvaltningar.

Av hoten mot Östersjöns naturtyper under ytan bedöms övergödningen vara det allra största. Övergödning anses var den huvudsakliga orsaken hos nästan samtliga av de naturtyper som är på tillbakagång, till exempel blåstångsbotten, rödalgsbotten och ålgräsbotten. Övergödningen förvärras dessutom av den interna belastningen, det vill säga när näring frigörs från bottensedimentet tillbaka till vattnet under syrefria förhållanden.

Andra orsaker som hotar Östersjöns undervattensmiljöer är vattenbyggnad, till exempel muddring, samt främmande arter och vattentrafik. I framtiden förväntas klimatförändringar ytterligare kunna förvärra övergödningen, och på längre sikt kan en eventuell sänkning av salthalten i havet leda till omfattande förändringar i organismsamhället.

För 14 av de 42 naturtyperna i Östersjön anser man att det fortfarande finns bristande kunskaper.

Beträffande naturen längs kusten så delades den upp i 45 naturtyper, varav 58 procent bedömdes som hotade och 15 procent som nära hotade. Bland de mest hotade kustnaturtyperna finns dyner med kråkris, vilka bedöms vara akut hotade.

Sandstränder och driftvallar som består av blåstång eller bandtång bedöms vara starkt hotade. Sandsträndernas flora och fauna utsätts dels för slitage från människor som solar och badare, dels av Östersjöns övergödning som bidrar till ökad spridning av vass. Vass och trådalger som ansamlas på stränderna blir grogrund för fleråriga växter och buskar, vilket leder till att öppna stränder och dyner försvinner.

Av invasiva arter lyfter man särskilt fram vresrosen. Den härstammar ursprungligen från Stillahavskusten i östra Asien, och sprider sig allt snabbare längs finländska kusten. Vresrosen kan etablera sig i många miljöer, men de mest omfattande förekomsterna hittar man på sandstränder, i dyner med strandråg och på torrängar.