Sedimentkärnor avslöjar att östersjön haft återkommande perioder av kraftig syrebrist under sin livslängd på drygt 8 000 år. Vilka regioner som drabbats har dock varierat. östersjön består av flera bassänger och då landhöjningen gjort att trösklarna mellan dessa blivit grundare så har även förutsättningarna förändrats. Dagens syrebrist i Egentliga östersjön anser dock forskarna beror på övergödning.