Syftet med Helcoms arbete med Marina Skyddade Områden (MPA (tidigare BSPA) i Östersjön är att skydda värdefulla havs- och kustmiljöer i Östersjön. Det görs genom att utse platser med särskilda naturvärden som skyddade områden, och hantera mänskliga aktiviteter inom dessa områden genom förvaltningsplaner. Nätverket av MPAs täcker nu 12 procent av ytan, vilket är bra, även om det är stora skillnader mellan olika havsområden, med anmärkningsvärt få områden längs Sveriges sydöstra kust. Utvärderingen visar dock att nätverket inte är optimalt utformat för att vara ekologiskt väl sammanhållet. Hotade arter och biotoper får inte tillräckligt med skydd, och de skyddade områdena stöder inte arternas flytt- och spridningsmönster. Rapporten föreslår åtgärder för att förbättra nätverkets ekologiska funktioner.