Djurplankton är en länk mellan lägre trofinivåer, som växt- och bakterieplankton, och högre trofinivåer som fisk. Djurplanktonsamhällets storlek och sammansättning påverkas såväl av övergödning som fiske, men även av abiotiska faktorer såsom salinitet och temperatur. Djurplanktonbiomassan har varit stabil i Bottniska viken, förutom en förhöjning vid norra Bottenhavskusten efter millennieskiftet.