Systemet är långt ifrån perfekt, men det förbättras kontinuerligt och är i stora drag accepterat av forskarsamhälle, miljöövervakare, tjänstemän och beslutsfattare. Statusklassningen görs med en femgradig skala, där varje klassning motsvaras av en färg. Blå motsvarar hög status, och används för opåverkade områden som bedöms vara i nästan naturligt skick. Grön färg är god status, och den lägsta godkända nivån för ett vatten. Gul färg motsvarar måttlig status, och detta är den allra vanligaste klassningen för Svealands kustvatten. Orange är otillfredställande, och röd färg är dålig status.
Den sammantagna ekologiska statusen för varje vattenförekomst görs utifrån en sammanvägd bedömning av de undersökningar som gjorts i området kompletterade med expertbedömning i de fall det behövs:
I den fria vattenmassan undersöks halterna av näringsämnena fosfor och kväve, siktdjupet samt klorofyllhalt och ibland biovolym för att avgöra hur mycket växtplankton som finns. Dessutom undersöks syresituationen vid botten.
I ett mindre antal områden undersöks också tillståndet för de vegetationsklädda bottnarna och tillståndet i bottendjurssamhället.
Svealandskustens bräckta vatten påverkar växt- och djurlivet mycket kraftigt. Endast få arter klarar att leva i en sådan miljö. Salthalten här varierar från nästan sött till ungefär sex promilles salthalt i de södra delarna. Djupvattnet är ofta saltare. Normal salthalt i världens hav är 35 promille. Salthalten ger information om vattnets ursprung och används vid indelning i typområden och för att korrigera referensvärden vid statusbedömning.
Fosfor är tillsammans med kväve ett av de viktigaste näringsämnena för växter. Tillförsel av dessa näringsämnen till en vattenmiljö är en naturlig och nödvändig förutsättning för livet. Det blir ett miljöproblem först när tillförseln ökar i sådan omfattning att ekosystemets ursprungliga karaktär, egenskaper och funktioner förändras. Då säger man att området är övergött eller eutrofierat.
Syrebrist i bottenvattnet uppstår ofta naturligt i områden där vattenomsättningen är begränsad eller där språngskikt förhindrar att bottenvattnet blandar sig med syrerikt ytvatten. Problemen förvärras dock av övergödning. Mer näring i vattnet orsakar god tillväxt av växtplankton vid ytan och det mesta faller så småningom till botten. Där krävs syre för nedbrytning.