Näringsämnen som kväve och fosfor är helt nödvändiga för alla växter. Även för alger och växtplankton i havet. Ett ökat tillflöde av näringsämnen kan dock radikalt förändra havets ekosystem. En del arter drar nytta av situationen, medan andra får svårare att konkurrera och minskar i omfattning eller försvinner helt.
Ungefär en tredjedel av kvävet och hälften av fosforn som kommer till våra havsområden är naturlig tillförsel. Resten är extra tillförsel orsakad av människan. I vår region är jordbruk och avloppsvatten de största källorna.
Miljögifter är ett samlingsnamn på många typer av ämnen som är skadliga för biologiskt liv. Tungmetaller och organiska miljögifter är två delvis skilda grupper. Trots att de flesta miljögifter har minskat kraftigt sedan 1970-talet, utgör samhällets massiva kemikalieanvändning fortfarande ett hot mot Östersjöns miljö.