Bottenviken är en grund havsbassäng, vars miljö i hög grad påverkas av naturliga processer. Utvärdering av 8 års miljöanalys visar att processer och mänsklig aktivitet i avrinningsområdet bestämmer tillgången på begränsande näringsämnen i kustzonen. Den redan låga mängden av fosfor i förhållande till kväve som förekommer i älvvattnet förstärks sedan ytterligare av processer i kustzonen som ännu inte är väl kända.