I Trosaåns avrinningsområde finns ett pågående kontrollprogram som tas av Gnesta och Trosa kommuner och som omfattar både vattendrag och sjöar. Provtagningen som sker 6 gånger om året har sitt ursprung i recipientprovtagning, en övervakning av reningsverkens reningskapacitet. Rapporten omfattar provtagningsdata från samtliga aktiva provtagningslokaler inom avrinningsområdet.