Bottensediment som rörs upp vid olika mänskliga aktiviteter är ett bekymmer eftersom det påverkar organismer och ekosystem på många sätt. Stor hänsyn till detta tas vid frågor om muddring, medan bottentrålning och aktiviteter i småbåtshamnar inte alls omfattas av liknande regelverk. Bottentrålning i områden med förorenat sediment resulterar i att begravda miljögifter åter kommer i omlopp och giftpåverkan på många organismer kan bli stor. Detta är i Östersjön den överlägset största källan till uppslammat sediment på djupa bottnar. Dessutom utförs bottentrålning nära känsliga lek- och uppväxtområden i Östersjön.