Sveriges tre stora havsområden, Bottniska viken, Egentliga Östersjön och Västerhavet, skiljer sig åt markant vad gäller biologiska, kemiska och hydrografiska förutsättningar. Det finns många miljöproblem som är gemensamma för de tre havsområdena, men även en hel del som skiljer sig åt. Miljögifter och näringsämnen följer med vattenströmmar mellan de olika områdena. Samtidigt är vattenutbytet mellan de olika havsbassängerna relativt litet, vilket kommer att ha betydelse för miljöproblemens spridning och vilken effekt miljöstörningen får i ekosystemet.